po prostu chodzi o to że instalujesz system na pendrive 
i możesz z niego korzystać wtedy gdy pendrive jest podłączony do komputera
Jeśli nie chcesz instalować linuxa na dysku możesz skorzystać z dystrybucji typu live cd, po włączeniu komputera wybierasz bootowanie z płyty i cieszysz się linuxem, bez mieszania na dysku twardym. Analogicznie można postąpić z pendrivem, co jest jak dla mnie bardziej praktycznym rozwiązaniem.
Polecam ubuntu , spokojnie ci się zmieści , jest łatwy w obsłudze itd… 
Wpakujesz każdą dystrybucję, która ma mieści się na płycie CD. Ze swojej strony również polecam ubuntu. Przed pobieraniem, i kombinowaniem zainteresuj się projektem “unetbootin”. Malutki, prosty programik który ściągnie z neta obraz systemu, i zamonuje go na pendrive.
Przecież ubuntu livecd posiada kreator do instalacji systemu na pendrive.
po co to kombinowanie :o
Nie trzeba dzielić pena na partycje. (przy używaniu unetbootin).
Jakiś błąd? Może coś więcej byś zdradził.