Cóż, nie miałem zestawu recovery, ale na logikę będzie to płytka System CD.Tę bootujesz. A jak nie, to pierwsza z serii recovery, choć wątpię. System CD zapewne umożliwia świeżą instalację, płyty recovery - zapewne mają jakieś dodatki przywracające system, ale to strzelam. Wyjdzie Ci w praniu.
Co do systemu plików, to ich obecny stan nie ma znaczenia. Przy instalacji będziesz miał wybór formatowania, a możesz też pozostawić tam bez zmian. Ja polecam, niezależnie od stanu dysku, by wybrać system NTFS i opcję z pełnym, choć dłuższym formatowaniem.