Nie wiem jak to praktykujesz, ale zrobiłbym backup partycji systemowej “/”. Potem zatwierdź aktualizację.
Potem sprawdź czy wszystkie PPA / dodatkowe repozytoria są ci potrzebne do szczęścia. Te, które zdecydujesz się włączyć dodaj tylko wtedy, jeśli są przygotowane do Debiana Stable, nazwa kodowa “Stretch”.
Przy dodawaniu dodatkowych repozytoriów jest konieczne dodanie klucza GPG w sposób, jaki widzialeś wcześniej.
Czyli mam zaktualizować do nowszej wersji poleceniem apt-get dist-upgrade ?
Tak, najpierw zrób:
Potem:
Poczekaj do jutra i gotowe! 
A czy aktualizacja do nowszej dystrybucji załatwi ten problem ?
Nie jestem wróżem. Srpawdzaj, testuj i ucz się - w tym robienia kopii zapasowej.
Od tej pory system będzie śledził wydanie “stable”, a nie cykliczne wydania wg nazw kodowych. O ile się ostanie, kolejne wydanie po prostu pojawi się w aktualizacjach.
Inaczej - doprowadź najpierw system do porządku. Potem włączaj jakieś tam dodatkowe repozytoria i instaluj np. mplayer.
Przytoczę całość, bowiem gdzieś umknie o co chodziło.
tomi001 - Fakt, że tak jak Ci już ktoś odpowiedział: nie da się. Pomimo tego, że paczki są testowane, to deweloperzy nie mają dostępnych wszystkich możliwych konfiguracji. Są jednakże pewne zasady, które służą ograniczeniu możliwości wysypania się systemu. Stosowanie się do nich, w dużej mierze zminimalizować może ten problem. Z grubsza przytoczę, może Ci (może też innym) przydać się (na część wskazał już @marcin82: Jak rozpoznać czy pod danej instalacji(aktualizacji) pakietów system się nie wysypie postaram się to uzupełnić i nieco zmienić.
- Jeśli dystrybucja ma swoje gałęzie (stabilną, testową itd.) - używaj zawsze tylko jednej z nich; teoretycznie mniejsze prawdopodobieństwo “wysypania się” masz zawsze w gałęzi stabilnej.
- Jeśli nie czujesz się ekspertem, nie chcesz testować wydań - nie używaj dystrybucji “unstable”, a zastanów się, czy “testing” na pewno jest dla Ciebie.
- Nigdy i to pod żadnym pozorem nie używaj paczek/repozytoriów oznaczonych jak “staging”.
- Na tyle, na ile się da ogranicz się tylko do repozytoriów bezpośrednio pochodzących od deweloperów danej dystrybucji i ogranicz używanie tzw. 3rd party repositories. Jeśli już musisz ich używać, to sprawdź od kogo one pochodzą, czy są na bieżąco aktualizowane i aktywne. Jeśli zauważysz, że repozytorium zostało porzucone, to porzuć je i Ty.
- Jeśli dystrybucja jest “wydawnicza” (jak np. Debian, czy Ubuntu) używaj repozytoriów wyłącznie danego wydania.
- Dopóki nie wiesz co robisz - nie mieszaj repozytoriów różnych dystrybucji.
- Jeśli wprowadzasz do systemu jakiś program, który kompilujesz we własnym zakresie, to zrób z niego paczkę dla ich menedżera; jeśli nie wiesz jak to się robi - poproś kogoś. Pamiętaj, że o taką paczkę musisz dbać w przypadku zmian wprowadzanych w systemie.
- Staraj się używać wystrojów dostarczanych wraz ze środowiskami.
- Raz na jakiś czas zrób sobie kopię ustawień.
- Jeśli używasz wystrojów innych niż “systemowe”, to stosuj wyłącznie takich, które są dla dokładnie Twojej wersji środowiska. Złudnym jest fakt, że jakiś wystrój “chodzi” pomimo że został przygotowany dla innej wersji.
- W przypadku stosowania zamkniętych sterowników staraj się korzystać z ich wersji dkms (o ile takie są przygotowane). Jeśli ich nie ma, to przed aktualizacją kernela, Xów, czy mesy sprawdź, czy nadal sterownik je wspiera.
- Nie “gwałć” instalacji (nie stosuj różnych “force” do instalacji).
- Lepszym pomysłem jest aktualizowanie systemu i instalowanie interesującej paczki niż wyłącznie jej instalowanie.
- Ucz się systemu i staraj się wiedzieć co jest instalowane/aktualizowane.
- Używaj porad pochodzących z oficjalnej dokumentacji danej dystrybucji; wszelkie pozostałe są wyłącznie jej uzupełnieniem.
- Używaj zaawansowanych sposobów instalacji (na niektórych blogach takie porady są dostępne) wyłącznie gdy wiesz o co chodzi. Jeśli nie rozumiesz - spytaj na jakimś forum.
- Nie ufaj bezgranicznie “ekspertom” (ot, choćby temu, co widzisz przy moim nicku).
- Stosuj się do porad wyłącznie dla danego wydania, chyba, że masz pewność, że porada dla innego na 100% może być stosowana.
- Zrób sobie “koło ratunkowe” umożliwiające start systemu w konsoli i umożliwiające z tego poziomu naprawę systemu (tak, będziesz się musiał tego nauczyć lub skorzystać z porad innych). Podstawowy i prosty sposób, to umożliwienie wykorzystania przez GRUB (jeśli go używasz) tzw. pozycji recovery.
- Zawsze instaluj system z odrębną partycją /home lub też stwórz ją gdy jej nie masz; tam są przechowywane ważne dla Ciebie informacje. Ich utrata może być raz na zawsze, a ponowna instalacja dowolnego linuksa trwa zwykle nie więcej niż ok. 30 minut.
W ten sposób nie uchronisz się od możliwości wysypania się systemu (mi się nawet po jakiejś aktualizacji Debian stable wysypał kompletnie), ale na pewno ograniczysz możliwość i na pewno będziesz miał możliwość naprawy w przypadku problemów.
A są może dystrybucje na której nie można wysypać systemu, jak się go aktualizuje czy może instaluje pakiety słyszałem o takiej dystrybucji jak manrajo.
Debian w wersji stabilnej.
Nie ma takiej dystrybucji. Inna sprawa, że w 99% wysypanie się dystrybucji po aktualizacji jest wynikiem działania nierozważnego użytkownika.
Za najmniej narażone na wysypanie się uchodzą takie dystrybucje, jak Debian Stable, RHEL (czy w “wersji darmowej” - CentOS), OpenSUSE Leap, czy Ubuntu LTS. Mają one jednak jedną “wadę” (dla niektórych) - dostarczają - zwłaszcza pod koniec swego życia - dość starych już pakietów. Jeśli się na to godzisz, są one dla Ciebie wystarczające - bierz którąś z nich (masz Debiana) i korzystaj. Owe stare wersje oprogramowania często jednakże powodują chęć dołączenia do nich zewnętrznych paczek, a to jest zarzewie problemów.
Jak Ci napisałem - nawet jednak (w moim przypadku) - jakaś aktualizacja Debiana Stable spowodowała, że system ten nie nadawał się do używania. Z drugiej strony kilka lat już używam Archa (który zewsząd jest zawsze uważany za system poddatny na wysypywanie się) i nie mam z nim żadnych problemów (a używam wersji testing). Fakt - z drobiazgami potrafię sobie poradzić.
Jeśli chodzi o Manjaro. Cóż znam tę dystrybucję i jej zalety oraz wady. Gdybym miał komuś polecać “archowy” system, to poleciłbym jednak… Archa 
Jeśli ktoś chce to mieć skonfigurowane OTB - Antergos, czy OBRevenge (w tej chwili to nie tylko OB, ale również i Plasma oraz MATE). Dlaczego nie Manjaro, lub dlaczego dopiero w dalszej kolejności? Cóż, temat to na długą dyskusję.
A pod slackware system się nie wysypie.
Dostałeś już dziesiątki odpowiedzi, to masz jeszcze jedną: najsłabsze ogniwo tak systemu, jak i jego aktualizacji i tak zawsze siedzi przed komputerem