Co masz za przeglądarki? W slimjet jest rozszerzenie do mhtml i przeglądarka elegancko obsługuje.
Po otwarciu w przeglądarce działają linki i nie widzę jakiegokolwiek problemu.
Być może w chrome://flags wyłączona obsługa html, albo jakiś av szykanuje rozszerzenie?
Do FF jest rozszerzenie do mht - i też kiedyś zapisywałem stronę do jednego pliku.
Toż to nie problem przeglądarki, tylko technologii wykonania strony w flashu i ciągłych odpytywaniach serwerów w celu wyświetlenia kolejnych części kursu.
mhtml dobry do zapisania pojedynczej strony a nie np. całego forum (z każdym pojedynczym tematem a nie że zapisze się stronę główną i możemy się chwalić backupem).
Poza tym ten plik jest kulawy, wyłączę internet i zostaje goły tekst (najlepiej wyczyścić cache by nie próbowała przeglądarka przemycić starego).