Proponuję nie usuwać jednocześnie 40 000 plików, usuwać sobie po 200- 300, później do 500, i na końcu wszystkie, etapami zwiększać ilość usuwanych plików, to jest normalne zachowanie systemu, on gromadzi informacje, im więcej pojedynczych plików w katalogu(ach) tym wolniej przebiega usuwanie. Dlatego zaleca się usuwanie etapowo po kilkadziesiąt , a nawet kilkaset plików na raz. Jeśli usuniesz już te pliki użyj CCleaner i oczyść sobie z niepotrzebnych tempów i historii komputer, sprawdź go od błędów za pomocą hdtune(jak kolega wyżej), bądź za pomocą komendy chkdsk x: - x -to partycja dysku, dodatkowo możesz ściągnąć sobie Advanced system Care i usunąć dokładniej śmieci. No i na pewno uporządkować pliki i przede wszystkich przeprowadzić defragmentację, a na początek zabezpiecz potrzebne dane wykonując kopię zapasową.
Opisane czynności przez Ciebie wykonuje na biężąco a raczej automatycznie przez System Mechanic ma w sobie to co potrzebuje to kompleksowego oczyszczania dysku, naprawy , defragmentacji i wiele wiecej.
A odpowiedź już znam: Dużo plików o małych rozmiarach. To tak samo jakby kopiować lub przenosić na inny dysk pliki graficzne a co innego pliki o dużych rozmiarach np. AVI