Czy podczas instalacji jest widoczny dysk twardy i partycję, na której windows będzie usadowiony. Może podczas instalacji (na samym początku, kiedy się pyta czy chcesz dodać dodatkowe sterowniki) musisz dodać dodatkowe pliki, aby instalator miał informację (sterowniki) do obsługi kontrolera dysku twardego.
Być może masz za bardzo zawaloną partycję systemową, sformatuj ją dyskietką startową i dopiero zacznij instalkę Win 2k. Mi to pomogło (bo miałem dysk TYLKO 2 GB, to było daaaaawno że nie pamiętam nawet kiedy, chyba w 2003 roku).