A po co komu program do usuwania? 
Tak się składa, że Windows posiada już wbudowaną funkcję Usuń 
jeżeli twój system to Linux napisz w konsoli sync a później odmontuj kartę… jeżeli Windows, po skasowaniu plików skorzystaj z bezpiecznego usuwania urządzeń.
Skopiuj na dysk zdjęcia, które chcesz zachować, a potem sformatuj kartę. Następnie skopiowane fotki przerzuć sobie z powrotem na kartę.
Widzę kilka możliwości :
1.Masz uszkodzony aparat ( chociaż o aparacie nie wspominasz )
2.Karta jest zabezpieczona przed kasowaniem ( poszukaj przełącznika na karcie )
3.Podczas przegrywania zdjęć z karty do komputera zaznacz tylko te zdjęcia , które chcesz usunąć
a na koniec " zaptaszkuj " - usuń z mojego urządzenia . Przegrane zdjęcia możesz z komputera usunąć .
skopiuj potrzepne zdjęcia i sformatuj kartę