Muszę przywrócić system Vista do ustawień fabrycznych lecz tylko partycję systemową C, większość programów jest zainstalowana na drugiej partycji D. Czy po tej operacji programy te będą poprawnie działać czy też lepiej będzie je wcześniej odinstalować. Prawdę mówiąc instalowałam je na partycji D właśnie po to aby sobie ułatwić w takiej sytuacji i nie instalować wszystkiego od początku ale coś mi się wydaje, że to nie będzie takie proste. Bardzo proszę o radę, może ktoś miał podobne doświadczenie.
Przywracając kopię systemu przywraca się też rejestr z dnia kiedy była utworzona kopia, zapewne jest to fabryczna (dostarczona z komputerem) więc nie będzie posiadać wpisów o twoich programach, niektóre będą działać, a niektóre będą sygnalizować przy uruchomieniu błąd, i prosić o reinstalację, tyle 
Dziękuję bardzo za odpowiedź, tak to jest wersja OEM z preinstalowanym systemem. Potwierdziłeś moje obawy a więc usunę te programy, wyczyszczę CCleanerem i dopiero przywrócę system.
Nie musisz, przywracając system rejestr będzie taki jaki ma być (no może nie do końca, bo trochę preinstalowanych śmieci będzie), więc programy które masz teraz zainstalowane nie będą w niczym przeszkadzać, możesz po takiej reinstalacji sprawdzić, jak się uruchomi - zostaw, jak nie, to musisz go zainstalować od nowa.
Niektórzy producenci udostępniają w swoich programach do tworzenia kopii zapasowej systemu, opcję utworzenia kopii obecnego systemu, więc można z tego skorzystać w przyszłości.
Pozdrawiam!