W czasie aktualizacji systemu zawiesił się Ubuntu. Po restarcie powtórzyłem aktualizację (w tekstowym, bo w graficznym nie chciał się zalogować do pulpitu). Teraz błąd jest taki - po zalogowaniu motyw wygląda jak z roota. Jeżeli wybiorę System>Preferencje>Wygląd to motym zmienia się na ten który powinien być.
Wydaje mi się że to jest coś z paczką, bo utworzyłem nowe konto i było to samo.
Z tego co sam sprawdziłem to potwierdzenie występuje tylko, gdy usuwa się poleceniem z menu kontekstowego, gdy usuwasz przy pomocy klawisza Delete, plik usuwany jest bez potwierdzenia, potwierdzenie występuje również w przypadku usuwania plików z pominięciem kosza.