Witam,
Nie mogę mówić za wszystkich oczywiście, jednak Thunderbird z czasem puchnie i zaczyna się ślimaczyć (przynajmniej ja mam takie doświadczenia, a czuć to szczególnie na słabszych komputerach).
Skoro usunąłeś wiadomości z serwera a nadal są w Thunderbirdzie, to prawdopodobnie masz skonfigurowane konto metodą POP3 (usunięcie na serwerze nie skasuje w Thunderbirdzie, skasowanie w Thunderbirdzie nie skasuje na serwerze, wiadomości Wysłane dostępne lokalnie i nie ma ich na serwerze). Aktualnie usunąłeś wiadomości na serwerze i tam miejsce się zwolniło, lecz w POP3 nie ma synchronizacji program <–> serwer, więc lokalne kopie tych wiadomości (wraz z załącznikami) są nadal w Thunderbirdzie, zajmując miejsce na dysku.
Przede wszystkim aby utrzymać porządek, przeszedłbym na IMAP - ostatecznie plusów jest więcej niż minusów (choć znam użytkowników, którzy przypadkowo kasowali sobie wiadomości i klops, a synchronizacja kasowała je również na serwerze).
Myślę, że po prostu powinieneś uporządkować wiadomości w Thunderbirdzie, podobnie jak zrobiłeś porządek na Gmailu - wyrzucić co niepotrzebne z poprzednich lat. Program po prostu zaczyna się prawdopodobnie krztusić od nadmiaru, szczególnie w POP3 - też znam z pracy te objawy 
Poczyść konta z maili.które cię nie interesują,gdy program ma za dużo do przetworzenia,zaczyna się zawieszać,zamraża się - nie wykazuje wtedy reakcji na kliknięcia myszą,musz to zrobić w Thunderbirdzie i na serwerze
Czasem pomaga “klikasz prawym przyciskiem na folder w Thunderbirdzie [np. na folder Odebrane], po czym z menu kontekstowego wybierasz Porządkuj” Ale radze jak wyżej przejść na IMAP.
Jack_Daniels -> pisałem w wiadomości już, że tak robiłem, nic nie pomogło
Jusko -> też zmieniłem na próbe kilka kont na imap, niestety nie pomogło 
Macie jeszcze jakieś propozycje? Pozdrawiam
A wyczyściłeś program z zaległych, zbędnych e-maili na pozostałych kontach? Same przestawienie na IMAP nic nie da, jeśli program nadal będzie musiał rzeźbić po obszernej bazie danych tysięcy maili, które pozostały.