Wad szczególnych nie ma, poza tym, że trzeba pamiętać o przekierowaniu instalatora podczas instalowania programów. Warto jednak na partycji systemowej, poza antywirusem, zainstalować również programy, które użytkownik zwykle startuje razem z systemem lub startują z systemem samoczynnie. Nie mniej podczas ewentualnej reinstalacji systemu i tak wszystkie aplikacje (lub prawie wszystkie) musisz instalować od nowa.
Instalowane oprogramowanie zawsze jest powiązane z partycją systemową. Ale idea jest dobra. Warto ją podsunąć programistom z Microsoftu oraz twórcom programów użytkowych i gier.
Nie koniecznie. Dla mnie warto, ale robię trzy partycje. Na pierwszej tylko system. Na drugiej programy wymagające instalacji i na trzeciej tylko różne dane. Oczywiście jest to trochę kłopotliwe bo po instalacji nowego programu muszę aktualizować kopię partycji systemowej, ale nie ma róży bez kolców i każdy wybiera co mu pasuje.