Na plik wymiany przeznaczyłem osobną partycję, chciałbym ją usunąć w widoku w Mój komputer.
Czy jeżeli zrobię to przez diskpart poleceniem remove letter to będzie ona nadal dostępna w systemie?
Spróbuj w zarządzaniu dyskami nadać jej atrybut “hidden” - ukryta. Jest dokładnie tak jak piszesz:
"Błąd usługi dysków wirtualnych:
Nie jest dozwolone przypisanie ani usunięcie litery dysku dla bieżacego woluminu rozruchowego lub woluminu stronicowania."
Czyli remove letter x nie działa, jest zatem może jakiś inny sposób?
No, nie działa. Mnie to nie dziwi, bo nie można usuwać liter dla partycji systemowych, oraz tych, na których jest plik swap. Możesz zrobić tak:
uruchom cmd, wpisz diskpart, następnie wybierz dysk przy użyciu polecenia selectdisk 1, gdzie 1 zastępujesz numerem swojego dysku twardego na której jest partycja ze swapem, następnie wpisz select partition 3, jeżeli partycją ze swapem jest trzecia, wpisz set id=27 i po problemie., 
Jest jeszcze drugi sposób, mianowicie możesz przy użycoi wpisu rejestru no drives ukryć daną partycję.