Pisałeś o vnc4server, a używasz RealVNC. W każdym razie wygląda na to, że brakuje Ci fontów i masz nie wszystko co dostarcza xserver.
Zobacz czy masz pakiet xorg-x11-fonts lub o podobnej nazwie. Reczna instalacja GUI rozni się od tego co masz out of box, głównie tym, że out of box masz zainstalowane wszystkie, nawet zbędne pakiety. Dlatego przy recznej instalacji powinieneś wiedzieć czego potrzebujesz, bo sam decydujesz co chcesz mieć.
GUI zawsze instalowałem w taki sposób w Debianie i Ubuntu.
Spróbuj xorg-xserver. Co dystrubcja to inna nazwa pakietu. Dawno nie używałem debianowych, więc nie pamiętam już jak te pakiety się nazywają. Poszuka w repo poleceniem apt search xorg.
Wy tak nie dojdziecie końca Zaraz będzie brakowało czegoś innego. Lepiej niech zainstaluje normalną dystrybucję, która już ma skonfigurowanego xorga i całą resztę, ewentualnie później będzie odinstalowywał czego nie potrzebuje, skoro tak bardzo chce mieć minimalne środowisko
Jeśli chodzi o Ubuntu czy nawet Debiana, to pamiętam z własnego doświadczenia, że w drugą stronę to nie jest już tak prosto. Kiedyś zdarzało mi się instalować Ubuntu i je odchudzać. Niektóre pakiety w zależnościach miały ubuntu-desktop, gdzie przy instalacji netinstall zależności nie były ze sobą tak mocno powiązane.
Mało używam konsoli.
A z tego co pamiętam to w Synapticu w pozycji: Zainstalowane (z możliwością automatycznego usunięcia) co ważniejsze pakiety po-odznaczałem: zainstalowane automatycznie i lista zrobiła się pusta.
Nie pamiętam jak to jest w debianowatych, ale chyba opcja “apt full-upgrade” lub “apt dist-upgrade” również zaproponuje wywalenie połowy systemu po odinstalowaniu meta-pakietów W synapticu jest chyba zakładka “status”? Po zaznaczeniu będziesz miał wyodrębnione pakiety zainstalowane, zainstalowane ręcznie, przestarzałe, porzucone zależności itp. (piszę z pamięci) i te porzucone (osierocone?) to pakiety, które wylecą przy pełnej aktualizacji systemu lub próbie upgrade do wyższej wersji.
Jeśli nie wiesz jak czyścić osierocone pakiety/zależności (apt autoremove w konsoli, lub coś podobnego w synapticu) to nadrób zaległości, bo system zacznie ci puchnąć jak katalogi winsxs w Windowsie