Rozumiem, że chcesz by Twój boot loader jako system domyślny miał Windows, tak? Zbootuj komputer z płyty instalacyjnej, z której wgrałeś Linuxa i tam będziesz miał do wyboru: instalacja, memtest, naprawa systemu itd. W naprawie systemu (czy jak jest to tam nazwane) będzie opcja dotycząca programu rozruchowego. Możesz przywrócić oryginalny program Windows (ale nie o to Ci chodzi, bo wtedy tracisz dostęp do Linuxa) albo naprawić linuxowy.
Osobiście naprawiałem GRUBa raz, ale nie pamiętam, by dawał mi wybór, co do domyślnego systemu. Jak wgrałem linuxa, to ustawiłem GRUBa, by domyślnie uruchamiał XP. Potem wszystko mi się posypało w kompie i po reinstalacji XP musiałem wgrać GRUBa na nowo. Co ciekawe, od razu wiedział, że chcę XP jako domyślny i mnie o to nie pytał (i to mnie zdziwiło).
Może potrzebna jest do tego jakaś komenda?
Mam nadzieję, że podałem właściwy trop (jak nie, to proszę o poprawienie mnie).