Do tego służy funkcja chmod()

http://pl.php.net/manual/pl/function.chmod.php

wstaw to w linii, gdzie jest komentarz //Tu ustalasz do jakiego…

w formie:

chmod('./uploads/'.$_FILES['Plik']['name'],0644);

jsmp - nie podpinamy się pod inne tematy, bo robi się bałagan.

Wydzielono z innego wątku.