To może być problemowe :? , nie dam głowy że typowy grub wykryje taki kontroler. O ile Linuksa możesz zbootować z Linuksa (poczytaj o kexec) to z win może być problem. Trzeba zainstalować grub2 (bo 1 na pewno nie da radę) i sprawdzić czy ruszy. Chyba że by spróbować jakoś zainstalować Win że by swojego bootloader walną na pendrivera, następnie na pena doinstalować gruba i tak tym zarządzać (można też zrobić dla Linuksa partycję boot na pendriverze.