Pamiętaj jeszcze o tym, że jak sobie losujesz te 6 liczb, to mogą się one niestety powtórzyć (np. wylosujesz 1,5,14,28, 5 ,34)! To dodatkowo komplikuje kod programu (jak tego nie trzymasz w tablicy). 
Jeśli planujesz uwzględnić to w swoim kodzie, to sugeruję, byś napisał sobie osobną funkcję do sprawdzenia czy dana liczba występuje w grupie 6 liczb:
int compare(int x,x1,x2,x3,x4,x5,x6)
{
if (x==x1) return 1;
if (x==x2) return 2;
if (x==x3) return 3;
if (x==x4) return 4;
if (x==x5) return 5;
if (x==x6) return 6;
return 0;
}
Funkcja zwróci 0 jak liczba x nie występuje wśród x1…x6 lub >0 jak występuje (i masz numer liczby - to bonus, możesz zwracać zawsze 1). Wywoływać możesz taką funkcję w następujący sposób (mówię o sprawdzeniu 6 losowanych przez Ciebie liczb, czy się któraś nie powtórzyła):
while compare(x1,0,x2,x3,x4,x5,x6)
x1=rand()%49+1;
while compare(x2,x1,0,x3,x4,x5,x6)
x2=rand()%49+1;
...
while compare(x6,x1,x2,x3,x4,x5,0)
x6=rand()%49+1;
Oczywiście to robisz już po wylosowaniu początkowym tych 6 liczb. Podobnie możesz potem sprawdzić liczby wprowadzone przez użytkownika. EDIT: powyższy kod (z sześcioma pętlami while) nie jest dobry (jak dwie ostatnie liczby będą takie same, pierwsza pętla while nigdy się nie skończy), oto poprawny kod (jest tylko 5 pętli while, pierwszej liczby x1 nie m sensu zmieniać):
while compare(x2,x1,0,-1,-2,-3,-4,-5)
x2=rand()%49+1;
while compare(x3,x1,x2,0,-1,-2,-3,-4)
x3=rand()%49+1;
while compare(x4,x1,x2,x3,0,-1,-2)
x4=rand()%49+1;
while compare(x5,x1,x2,x3,x4,0,-1)
x5=rand()%49+1;
while compare(x6,x1,x2,x3,x4,x5,0)
x6=rand()%49+1;
Po prostu porównujemy kolejną liczbę z dotychczas porównanymi (a nie wszystkimi), stąd dodatkowe “zamienniki” takich liczb (nie mogą się powtarzać, a liczby mniejsze lub równe zero nie są losowane).