Tak jak w temacie. Chodzi mi o np. Internet Explorer, Windows Messenger i niektóre pliki takie jak te od aktualizacji systemu.
Pliki od zainstalowanych aktualizacji możesz usunąć.
Co do IE, jest on składnikiem systemowym i lepiej go zostawić. Swoją droga nie wiem jak chciałbyś go odinstalować 
Dodaj / usuń składniki systemu windows (tylko czasami krzaki się dzieją, np jak chcesz przez lokalizację na stronę internetową wejść itd)
System naprawdę trudno uszkodzić, można usunąć sporą część plików, tylko jak usuniesz chociaż 1 nie ten co trzeba to system nie wstaje 
Da się usunąć, tylko windows jest zsynchronizowany i to mu może zaszkodzić. Internet explorer i windows update, jakkolwiek można wyłączyć, to nawet wyłączenie tych składników, to duże ryzyko. Dopóki są aktualizacje, system potrafi się bronić, trzeba tylko mu na to pozwolić. Lepsze to, od jakichś antywirusów. One mogą uzupełniać ochronę systemu, ale, jak nie przypilnujesz, to wpuszczą wirusy. Messengera, to nawet trzeba się pozbyć. Wyłączyć w składnikach i poszukać komendy do cmd. W googlach tego pełno.
Nawet aktualizacji internet explorera nie wolno odinstalowywać programami typu revo u, co dodatkowo sprzątają pozostałości. Jest wiele współdzielonych bibliotek dll i zawsze jest ryzyko, że potem nie można się połączyć z internetem, bo jakiegoś pliku systemowego brak.
W swoim czasie na WinXP-ku odinstalowywałem IE8 (na moim IE8 brak było przycisków: Plik, Edycja, był tylko czarny pasek) Po otworzeniu cmd.exe komendą “%windir%\ie8\spuninst\spuninst.exe”( bez cudzysłowu) i enter odinstalowałem go. Zakończyło się to komunikatem Sucessfuly.
Ponowna instalacja przebiegła pomyślnie.