Tak, będzie ukryty, czyli niewidoczny a to nie to samo - co brak dostępu.
Tylko nie napisałeś, po jakie licho chcesz ukrywać folder Program Files…czy też pliki systemowe windowsa.
Sam sprawdź, że folder Program Data jest normalnie niewidoczny (ma zaznaczenie we właściwościach „ukryty”) a jednak system z niego korzysta.
Coś masz jakieś dziwne skłonności do nietypowych działań na systemie (wyłączałeś usługi i inne właściwości) - wynika z tego co pisałeś w innych tematach.
NIe ma na to jednoznacznej odpowiedzi, bo to nieobsługiwany scenariusz. Ogólnie - tak, „da się”. Jaki będzie efekt ukrycia np. MSHTML.DLL odkryjesz być może za pół roku, jak jakiś side panel w aplikacji z 2005 przestanie działać. Albo nie. Ukrywanie innych plików da inne efekty: np. żadne. Albo z pulpitu znikną ikony.
Wrócę do tematu. Czyli lepiej nie ukrywać folderów Windows i Program Files, bo tylko to samo jako ukrycie tu wchodziło by w grę, a brak dostępu to wiadomo nie ma możliwości z racji że się wszystko położy.
A ukrycie folderów Windows i Program Files chciał bym ukryć z racji że dostęp do komputera/laptopa mają inne osoby, a nawet jak każda z osób by miała osobne konto to i tak będą widoczne foldery Windows i Program Files.
Ale co z tego, że będą widoczne? To Windows, wiadomo, że tam są. Jeżeli nie ma uprawnień do zapisu do nich, to gotowe. Nie wiadomo, jaki tak naprawdę problem próbujesz rozwiązać.
Zwłaszcza, że pierwsze zdanie trochę niedomaga gramatycznie, weź no przeczytaj je jeszcze raz i popraw może 