Zalezy jakie dokumenty i gdzie były zapisane, jeśli w domyślnych lokalizacjach systemu - nie powinny byc naruszone.
Żadne pliki nie zostały skasowane. To co zacytowałeś, to procedura przywrócenia uszkodzonych plików rejestru na sprawne kopie pochodzące z “migawek” utworzonych przez przywracanie systemu (drugi cytat).
Jedyne co może zostać utracone, to ustawienia (a nie pliki!) zainstalowanych w między czasie programów itp, itd.
Z pierwszym cytatem sprawa wygląda tak, że przywraca się uszkodzony rejestr plikami utworzonymi podczas ostatniego tworzenia dysku ratunkowego. Czyli, w w 99.9% przypadków - podczas instalacji systemu :). W związku z tym po takiej operacji przywracania rejestru, będzie on “jak nowy”. na dysku będą wszystkie pliki dokumentów, systemu i zainstalowanych programów ale bez żadnych ustawień (tych przechowywanych w rejestrze). Dużą część programów trzeba będzie przeinstalować.
Tam gdzie były 
Nie wiem, co do tej pory robiłeś w systemie ale jeżeli nie “strzeliłeś formata” to pliki nadal tam są. Co najwyżej nie masz do nich dostępu z powodu zmiany (usunięcie pliku SAM) uprawnień do plików/folderów. Przejmij potrzebne Ci foldery na własność i ew. popraw uprawnienia.
Cofniecie tych operacji polega na przywróceniu poprzednich plików. Tyle, że jeden z nich jest zdaje się uszkodzony, więc wracasz do punktu wyjścia :).
Najszybszą i najskuteczniejszą metodą naprawienia sytuacji było by IMO przeprowadzenie instalacji naprawczej. System “stanie na nogi” a Ty nie stracisz żadnych ustawień ani zainstalowanych programów. Oprócz poprawek z Windows Update, które trzeba będzie zainstalować ponownie.
Jeżeli przez “działać jak należy” rozumiesz odzyskanie plików (poczty z Outlooka, plików z Pulptu itp), to tak. W ten sposób je odzyskasz.
Jeśli chodzi Ci o normalną pracę systemu - to nie bardzo.
jak naprawisz system na którym masz zainstalowany SP2 to potem masz niezłe bagno na kompie. Niestety sam tego doświadczyłem 
Są pomieszane pliki z dodatku z oryginalnymi.
Outlook Expres maile trzyma w folderze C:\Documents and Settings<u>\Ustawienia lokalne\Dane aplikacji\Identities{losowe_cyfry_i_litery}\Microsoft\Outlook Express*.dbx
Książa adresowa jest w folderze C:\Documents and Settings<u>\Dane aplikacji\Microsoft\Address Book</u>
Natomiast inne ustawienia - reguły, itp przechowywane są w rejestrze.
Jeżeli system, który chcesz naprawiać jeszcze jako tako działa najprościej chyba użyć Kreatora transferu plików i ustawień (C:\Windows\system32\usmt\migwiz.exe). Do innych programów ten kreator nadaje się średnio ale akurat do przeniesienia OE na inny system będzie w sam raz.