Przy Twojej konfiguracji raczej nie poczujesz różnicy.
Jeżeli partycja systemowa jest duża i wiesz, że pomieści wszystkie programy, których potrzebujesz, to instaluj.
Gry natomiast instaluj na innej partycji. W przypadku reinstalacji systemu w większości przypadków będziesz mógł grę uruchomić bez potrzeby ponownej instalacji.
Wystarczy później przenieść tylko foldery z saveami i będzie OK.
Defragmentację dobrze przeprowadzić raz w miesiącu.
Oddaleniem plików programów od plików Windowsowych się nie przejmuj.
Nie sądzę, abyś zmierzył jakąś wyczuwalną różnicę, o ile w ogóle.