Witam!
Ostatnio wyczyściłem system ze starych aplikacji, min. usunąłem parę programów działających na wine, jednak po instalacji ich skróty pozostały, wśród innych dostępnych programów, (po uruchomieniu nie działają), próbowałem ich szukać ale nigdzie nie mogę ich znaleźć. Gdzie mogły się ukryć ? 
Nie napisałeś z jakiego środowiska graficznego korzystasz.
W debianie faktycznie domyślnym środowiskiem chyba jest GNOME3, ale to nie oznacza, że nie korzysta z czegoś innego.
Skróty do programów są ~/.local/share/applications
Usuwasz, co chcesz.
Następnie wywołujesz xdg-desktop-menu forceupdate .
Dzięki wielkie! Pomogło.