czy defragmentacja dysku np diskeperem usunie mi pliki temp w emule?
Nic nie usunie.
Spokojnie dokonaj defragmentacji 
:multi: to fajnie,gdzieś na necie tak wyczytałem ,skoro nie to może jeszcze dzis to zrobię,nie robilem jeszcze ani razu a kompa mam już na nowym dysku ze 2 miechy
To ta osoba pisała kompletne bzdury.
Defragmentacja nie usuwa żadnych danych z dysku tylko układa je w taki sposób, aby był szybszy dostęp do nich.
Zresztą bardzo ładnie zostało to napisane na wikipedii
Pliki w emule/temp w większości przypadków nie dadzą się zdeframentować co nie znaczy , że defragmentacji nie da się przeprowadzić. Żaden plik z tego powodu się nie uszkodzi , niemniej taka defragmentacja niewiele da. Z tego właśnie powodu folder temp , a najlepiej cały eMule powinien być na patrycji innej niż systemowa.
Co do informacji na którą się powołujesz to wydaje mi się że została ona gdzieś po drodze zniekształcona - pliki z tempa mogą się uszkodzić pod wpływem nie defragmentacji , ale działania winzgrozowego checkdisku.