Jak w temacie. Dlaczego co jakiś czas dochodzi do nagromadzania się błędów systemu plików (NTFS, Fat32),co jest przyczyną, jak unikać tego rodzaju błędów i co robić gdy takie problemy już wystąpią ?
trzeba sprawdzić dysk na którym takowe błędy powstają - jest prawdopodobieństwo że masz uszkodzony dysk na wskutek czego przerzucane pliki są uszkadzane. Ściągasz HD Tune -> error scan -> start
Dodam jeszcze, że problemy może stwarzać pamięć ram lub podkręcony procesor. 
Sam dysk raczej nie jest uszkodzony, ale wyjaśnij co masz na myśli mówiąc o uszkodzeniu.
A czy wejście prawym na wybraną partycję > Właściwości i tam w menu Narzędzia w zadaniu Sprawdzanie błędów > button Sprawdź i wybranie automatycznego sprawdzenia i naprawienia systemu plików byłoby właściwym rozwiązaniem ?
Jest jeszcze narzędzie Konsola odzyskiwania systemu z komendą CHKDSK.
A tak żeby dało się zrozumieć wypowiedź - podaj więcej szczegółów o tym, to może być całkiem możliwe. :?