Nie powinny kolidować pod warunkiem włączenia tylko w jednym z nich ochrony w czasie rzeczywistym (o ile taką oba posiadają). Problemów być nie powinno za wyjątkiem spadku wydajności pod warunkiem odpowiedniej konfiguracji sprzętowej.
Osobiście radze jednak zrezygnować (w tej konfiguracji) z PC Tools. NOD32 w zupełności wystarczy. PC Tolls (wszystkie aplikacje) dość mocno obciążają system.