Od razu przejdę do rzeczy…
Mam repo główne, nazwijmy RepoMain.
Utworzyłem z niego fork, RepoFork.
Na RepoFork, gałąź master, zrobiłem commit - CommitA.
Następnie utworzyłem branch, BranchFeature, i wrzuciłem zmiany - CommitB.
Teraz chciałbym wyłącznie CommitB wrzucić do RepoMain. Jak? 
Korzystam z BitBucket, robiąc tam Pull Request wrzuca mi zarówno CommitA jak i CommitB… Albo coś robię nie tak, albo coś źle rozumiem z forkami i pull request. Please help.
Uściślając zrobiłeś wpierw commitA w gałęzi master a potem z gałęzi master (z ostatniej rewizji) zrobiłeś brancha BranchFeature i tam zrobiłeć commitB ?
Jeśli dobrze to pojmuję to w BranchFeature jest zrówno commitA jak i commitB.
Jeśli chcesz żeby w BranchuFeature był tylko commitB to musisz stworzyć branch z wcześniejszej rewizji, tj zrobić git checkout na commicie przed commitA i dopiero tam stworzyć branch i w nim commitB.
Nie musisz wszystkiego odnowo - jeśli commitB nie bazuje na commitA to możesz zrobić cheery-peak
cherry-pick