Dostaje takie info:
Wydaje mi się, że jest to bug?
O co biega? Coś trzeba zrobić, bo nie rozumiem? W czymś to przeszkadza?
Można stworzyć jakoś skrót do Nautilusa z prawami roota bez pytania o hasło, w jaki sposób? Czy to w ogóle jest bezpieczne?
Albo błąd albo przypadkowo usunieto wspomniany katalog, np. przy jakiejś aktualizacji 
Nie, w niczym nie przeszkadza. Może przeszkadzać co najwyżej przy udostępnianiu plików w LANie.
Oczywiście, że można:
-
Tworzysz aktywator na pulpicie bądź panelu i w poleceniu wpisujesz:
sudo nautilus
-
Uruchamiasz terminal i wykonujesz kolejno:
export EDITOR=/usr/bin/gedit
sudo su
visudo
-
Dodajesz w pliku linijkę:
user ALL=NOPASSWD: /usr/bin/nautilus
-
gdzie: za user podajesz nazwę użytkownika, który ma uruchamiać Nautilusa na prawach roota bez podawania hasła.
Jeśli chcesz używać więcej poleceń/aplikacji z sudo bez podawania hasła to dodajesz je w tej samej linijce po przecinku, np. dla edytora tekstu Gedit:user ALL=NOPASSWD: /usr/bin/nautilus,/usr/bin/gedit
Ogólnie to się nie zaleca ale tak szczerze to całe sudo nie jest bezpieczne w domyślnej konfiguracji
Pozdrawiam!
Jednak zostałem przy włączeniu terminala z uprawnieniami roota w menu ubuntu. Trochę to wygodniejsze. 
Dzięki za odpowiedź.