Witam
Otóż jak chronć pendriva przed wirusami ? w szkole na kompach chyba cos jest bo po podlaczeniu pendriva pojawiaja sie na nim skrot do plikow i jakis dokument word, i
Nie podłączać do wątpliwych urządzeń, w celu wymiany plików między systemem.
A jeżeli potrzebujesz odczytać/przenieś same pliki - zezwalaj tylko na tryb readonly.
Używaj chmury - np google drive. Masz internet w szokle chyba?
https://labs.bitdefender.com/2011/03/bitdefender-usb-immunizer/ - przed częścią ochroni, przynajmniej zmniejszy szanse na uruchomienie wirusa zaraz po podłączeniu.
Programy, to jest to też dobre rozwiązanie, ale chyba lepiej używać mózgu 
Zabezpieczyć pendrive nie zaszkodzi, może uruchamianie z systemem programu wyłączyć (nasłuchiwanie w celu immunizacji podłączonych urządzeń).
no neta mam xd ale np takei wieksze pliki jak wirtualne maszyne to na chmure nei za bardzo ale mniesze dobry pomysl, na oendrivie mi nie zalezy tylko na tym zeby kompa w domu nie zainfekowac
Z drugiej strony racja - lepiej zapobiegać niż leczyć.
Skoro musisz wymieniać się plikami w ten sposób, no to tak jak kolega wyżej radzi - zabezpieczyć programowo.