Jak podłączyć dwa dyski? Pod jedną taśmę czy nie?

Z gruba auroxa?

Sam sobie odpowiedziałeś. W auroksie 11.1 było by to ustawienie domyślne czyli w sektorze MBR pierwszego dysku. 12-tki jeszcze nie instalowałem, ale myślę, że też to będzie domyślne ustawienie.

Ale czy jeśli tak zrobię to wówczas nie namieszam sobie w windows-ie?

Nadpisze ci bootmenager windowsa. Gdy będziesz chciał się pozbyć linuksa to po jego usunięciu wpiszesz w konsoli odzyskiwania fixmbr i z powrotem będziesz uruchamiał windę jak teraz.