Musisz zdecydować czy cenisz sobie stabilność czy nowości, które niekiedy są znikome i jest to zwykła gonitwa za cyferkami. Ja sam przestałem zwracać uwagę na cyferki, oprogramowanie może nie jest najświeższe, ale system działa stabilnie. Poza tym Debian jest na tyle elastyczny, że możesz mieszać różne wersje, możesz nawet instalować różne pakiety ręcznie na wzór Slackware, więc masz pełną kontrolę. Co prawda takie mieszanie wersji czy instalacja pakietów na własną rękę, wymaga troszkę więcej, niż tylko wklepanie aptitude update && aptitude upgrade, ale w końcu chcesz się czegoś nauczyć, no nie? Arch też nie jest zły, ale to musi być twój wybór.
Wyboru wielkiego nie masz, bo tylko FAT lub Ntfs, niestety Windows innych nie obsługuje, a inne systemy plików po instalacji różnego rodzaju sterowników, średnio działają pod Windowsem.
Również polecam wspomniany wcześniej TrueCrypt, no i oczywiście powinieneś użyć systemu plików FAT/Ntfs.
Niestety nie korzystam zbyt często z Windowsa, więc nie mam tego problemu, tym samym za wiele nie podpowiem. Ale np, na laptopie mojej Mamy, partycję Ntfs montuje w /home i mam porobione dowiązania symboliczne, takie dowiązanie mam również do Windowsowego pulpitu, wówczas to co zostawię na linuksowym pulpicie, mam na pulpicie Windowsa i odwrotnie.
