Do pliku javascriptem nie zapiszesz, ale możesz do cookiesa, i potem odczytać z cookiesa. Oczywiście, jeśli przeglądarka nie akceptuje cookies, to nic z tego. Poszukaj w googlach ‘cookies javascript’.
A tak w ogóle, to co konkretnie chcesz osiągnąć, i w jakim celu? Może da się jakoś inaczej rozwiązać ten problem.