Czy jest jakiś sposób żeby wykonać kod javascript który użytkownik podrzuci mojemu programowi?
Jest też inna możliwość (i różne jego wariancje): podajesz kod do wykonania (w JavaScripcie) np. w polu tekstowym formularza (), wysyłasz na serwer przez POST, na serwerze zapisujesz go do jakiegoś pliku a potem podłączasz (w JS) jako wstawka
Analogicznie możesz robić z plikami stylów (CSS).