Zależy jeszcze na jakim systemie działa ten antywirus, jeśli na Linuksie, to bez problemu można na nim uruchomić Truecrypt, odszyfrować i podmontować partycję/dysk i dopiero wtedy przeprowadzić skanowanie, jeśli na jakimś systemie DOSopodobnym, to raczej się nie uda.
W takim razie Truecrypt powinien zainstalować się bez problemu, jedynie musiałbyś instalować (TC umożliwia również uruchamianie bez instalacji) po każdym restarcie. Uruchom live cd i po prostu sprawdź.