Na dysku który BIOS bootuje jako pierwszy musi być bootloader, który obsłuży wszystkie systemy, np. GRUB. Jeśli na drugim dysku masz w MBR GRUB-a, wystarczy, że zmienisz bootowanie na ten drugi dysk.
Ok, ale co masz w MBR poszczególnych dysków? Na pierwszym rozumiem bootloader od XP, a na drugim? Jeśli GRUB-a po LInuksie to tyko zmień priorytet bootowanie w BIOS-ie, no i ewentualnie trzeba będzie dopisać pozostałe systemy do listy. Jeśli nie masz GRUB-a to zainstaluj.