Kodowanie w header.php działa do całości wygenerowanego pliku. Tylko że odpowiednie ogonki musisz zamienić na odpowiadające im krzaczki w kodowaniu iso-8859-2. Możesz to zrobić ręcznie, możesz użyć jakiegoś programu konwertującego (Gżegżółka xp), możesz również przy zapisywaniu pliku w programie w jakim tworzysz strony wybrać odpowiednie kodowanie.
Istnieje też możliwość korzystania z bibliotek konwertujących w PHP, chociażby iconv.