Całkiem możliwe, że płyta posiada dwa niezależne kontrolery SATA i jeden z nich nie jest do końca poprawnie wykrywany przez system. Dlatego dyski, z na których ma być postawiony system, najlepiej podłączać do portów o numerach 0 lub 1.
Często bywa tak, że początkowe wtyki są dla zwykłej konfiguracji AHCI/SATA kolejne dwa z kolei są dla konfiguracji RAID.Zajrzyj do podręcznika swojej płyty głównej i poczytaj na ten temat.