Wszystko się zgadza. Cały problem wynika z różnych interpretacji znaku końca linii
Za wikipedią:
CRLF : DOS, OS/2, Microsoft Windows, Symbian, DEC RT-11
CR : Commodore, Apple II, Mac OS (do wersji 9), Microware OS-9
LF : Unix, BeOS, Amiga, RISC OS, GNU/Linux, Mac OS X, MULTICS
Gdzie CR oznacza znak o kodzie 13 czyli CR=chr(13)
LF znak o kodzie 10 czyli LF=chr(10)
Żeby zatem naprawić tekst w którym znakiem końca linii jest LF wystarczy go poprzedzić znakiem CR.
Stosunkowo łatwo taki programik który będzie to robił masowo (np. dla wszystkich plików w danym katalogu) napisać i mam zamiar to zrobić bo też mi czasami przeszkadza. Jeśli ma się do czynienia z jednym plikiem to nie problem, ale w sytuacji takiej jak Twoja czyli wielu plików, to rzeczywiście jest uciążliwe. Stosowanie takiego czy innego znaku końca nie ma nic wspólnego z nowoczesnością jak sugerują niektórzy. Po prostu jedni przyjęli taki znak końca linii, a inni inny. W każdym bądź razie jest to jeszcze jeden przyczynek do wojenki Linux - Windows. 
– Dodane 12.01.2011 (Śr) 0:17 –
Mam nadzieję, że udało mi się napisać procedurę która zmienia znaki końca linii na obowiązujące w plikach tekstowych w Windowsie.
Program o nazwie ReplacePL znajdziesz tutaj:
ReplacePL
Po uruchomieniu wybierasz opcję:
1)zmiany w plikach
- Wpisujesz rozszerzenie plików w którym mają być dokonane zmiany.
3)Wyszukujesz katalog w którym znajdują się pliki do zmiany.
(Zmiany zostaną dokonane we wszystkich plikach w katalogu)
Jeżeli zaznaczysz się opcję +podkatalogi to zmiany zostaną dokonane także w podkatalogach.
4)Klikasz klawisz '“wykonaj” i wszystko.