Obawiam się że Twój problem jest taki, że Masz wersję demonstracyjną programu (przerabia tylko częsć filmu).
Niestety nie znam darmowych programów tego typu 
Zajrzyj tutaj:
http://kinofon.pl/index.php?ac=jadodacfilm
Filmik jest krótki spróbuj może tu:
Hmm… wersja trial Xlilsoft 3GP Video Converter ma właśnie ograniczenie pliku wynikowego do 2 minut.
Nokia Multimedia Converter Pro,
SUPER, MediaCoder,
Acala 3GP Movies Free, Apex Free 3GP Video Converter, Mobilevideo Pro for 3GP, Freez 3GP Video Converter,