Windows swoje pliki systemowe itp. ma w folderze WINDOWS, pliki zainstalowanych programów w Program Files, a katalogi użytkowników w Document and Settings.
Co do Visty to jeśli zainstalujesz ją na innej partycji niż XP to nie pogryzą się, czyli podczas startu komputera będzie możliwość wybrania systemu (XP lub Vista). Jeśli jednak zainstalujesz ją na tej partycji co XP to będziesz miał bardzo duże problemy z działaniem i uruchamianiem tych systemów.
Rozumiem, że chcesz zachować Xp i zainstalować Viste. W taki razie zainstaluj Viste na dysku D (czysta instalacja), a potem przenieś ważne pliki z dysku C. Wtedy będziesz miał możliwość wyboru systemu podczas startu komputera.
Z windows 98 dało się bezproblemowo zupgradować na XP bez żadnych problemów, z zachowaniem wszystkich danych oraz ustawień, więc z XP na Vistę zapewne też się bez problemu da