@-GioWDS
Nie można niczego zakładać, trzeba do tematu podejść stricto technicznie.
@netis
a) Windows - coś nowszego niż Windows 7 ?
b) Któraś z użytych partycji NTFS była systemowa ?
Pytam, ponieważ od wersji Windows 8 wzwyż wykorzystywane jest domyślnie bootownie hybrydowe (fast stratup) i zmiany wprowadzone na partycji systemowej podczas gdy system jest offline (a w przypadku używania Live USB tak jest) są bagatelizowane. Przy starcie Windows stan jest przywrócony podobnie jak w przypadku hibernacji systemu. Co więcej w skrajnych przypadkach może to uniemożliwić poprawne uruchomienie się systemu Windows, w innych utratą skopiowanych danych.
http://www.e-pilas.com/fast-startup-szybki-start-windows/
Być może to właśnie jest twój problem.
Ja mając dual boot (Linux Manjaro 16.10 i Windows 8.1 (do gier) ) wyłączyłem fastboot dla systemu Windows, aby móc swobodnie kopiować na partycję systemową Windows. Drugie rozwiązanie to było podmontowanie jej w trybie tylko do odczytu jeżeli nie chciałbym wyłączyć fast boot.
http://askubuntu.com/questions/452071/why-disable-fast-boot-on-windows-8-when-having-dual-booting
(nie sugeruj się dual bootem, ponieważ problem występuje też z systemem Linux uruchomionym Live USB
Jeżeli chodzi o obsługę NTFS pod Linux nie musisz się martwić. Wszystko działa jak trzeba.
Mam dyski zewnętrzne, pendrive itd. - nigdy przez wiele lat mi się nie zdarzyło, żeby Linux uszkodził dane na partycji NTFS.
Miałem już masę dystrybucji Linuxa. Obsługa NTFS jest na tyle dojrzała, że niema się czego obawiać.