Po instalacji linuksa i ew. doinstalowaniu ntfs-3g nie powinno być żadnych problemów z obsługą partycji ntfs. W domu mam od wielu lat Windowsa 7 jako konsole do gier i nigdy nie występowały żadne problemy. Twój przypadek jest odosobniony i ciężki do przeanalizowania: może to błąd użytkownika, może nieaktualne pakiety w wersji live, może błąd sprzętowy, albo coś o czym nawet nie pomyślałem.
b) Któraś z użytych partycji NTFS była systemowa ?
Pytam, ponieważ od wersji Windows 8 wzwyż wykorzystywane jest domyślnie bootownie hybrydowe (fast stratup) i zmiany wprowadzone na partycji systemowej podczas gdy system jest offline (a w przypadku używania Live USB tak jest) są bagatelizowane. Przy starcie Windows stan jest przywrócony podobnie jak w przypadku hibernacji systemu. Co więcej w skrajnych przypadkach może to uniemożliwić poprawne uruchomienie się systemu Windows, w innych utratą skopiowanych danych.
Ja mając dual boot (Linux Manjaro 16.10 i Windows 8.1 (do gier) ) wyłączyłem fastboot dla systemu Windows, aby móc swobodnie kopiować na partycję systemową Windows. Drugie rozwiązanie to było podmontowanie jej w trybie tylko do odczytu jeżeli nie chciałbym wyłączyć fast boot.
Problemy z długimi ścieżkami to ma Windows a nie Linux Ktoś w MS wymyślił projektując NTFS że 255 znaków na ścieżkę wystarczy każdemu ale możliwe że już rozwiązali ten problem jakimś patchem - nie jestem pewny.
Co do obsługi NTFS przez Linuksa nie musisz mieć obaw (tak jak pisałem wcześniej) pamiętaj jedynie jakie ma ograniczenia Windows np. nie nazywaj katalogów CON PRN AUX CLOCK$ NUL COM1 LPT1 LPT2 LPT3 COM2 COM3 COM4 bo Linuks Ci na to pozwoli (dla niego to nazwa jak każda inna), ale Windows już nie będzie w prosty sposób potrafił ich nawet usunąć Tutaj masz co nieco https://msdn.microsoft.com/en-us/library/windows/desktop/aa365247(v=vs.85).aspx więcej ograniczeń szukaj w dokumentacji Windowsa, bo ja się na tym nie znam, to forum o Linuksie.
Z tą hibernacją też uważaj, zapomniałem o niej a faktycznie może namieszać. Poza problemami z plikami, zdarzało się że Linux nie potrafił wybudzić uśpionej karty sieciowej przez Windowsa.
Miałem taki przypadek, ale jest na to prosty sposób - włączenie bootowania z karty sieciowej w BIOS, to ją “przywraca do życia” i Linux dalej już nie ma problemu, bo karta sieciowa jest wybudzona ^^