Tak ogólnie to jeśli na tym samym pendrajwie miałeś wcześniej inne dystrybucje istnieje możliwość, że program do nagrywania nie radzi sobie z ich pozostałościami (partycje) lub akurat ten program nie radzi sobie z nagraniem danej dystrybucji.
Tu masz narzędzia jakimi nagrasz ISO Manjaro: https://wiki.manjaro.org/index.php?title=Burn_an_ISO_File
Ze swojej strony pod windows polecam program Rufus (2 tryby nagrywania).