gtk2-engines zainstalowane, co się konkretnie aktualizowało nie pamiętam, sprawdzałem wiele motywów żaden nie działa poprawnie. Rozwiązanie problemu było dość brutalne:
apt-get purge mate-desktop-environment mate-desktop-environment-extra
apt-get autoremove
apt-get install mate-desktop-environment mate-desktop-environment-extra
