$MFT i $Extend - Pofragmentowane
Niektóre programy twierdzą, że dysk zdefragmentowany w pełni, inne co innego a jeszcze inne co innego 
O&O Defrag 17
pokazuje u mnie to:
Nie wiem co pokazuje Ci OODefrag, bo nie otwieram tego typu linków, ale radzę przeprowadzić defragmentację partycji systemowej spod bootowania , np. Puran Defrag.
Poraj - to nic nie zmieni … już to robiłem, ale po uruchomieniu Windows nadal są MFT zdefragmentowane
MFTjest to specjalna przestrzeń na dysku gdzie są zapisane parametry partycji oraz informacje o plikach. To jest taka baza danych o plikach. Zdecydowana większość programów jej nie zdefragmentuje bo nie można tego zrobić w trakcie jej używania. To jak próba wymiany opon w samochodzie podczas jazdy. Jednak można to zrobić za pomocą programów które defragmentują dysk podczas uruchamiania systemu. Opis masz np. tutaj:
Już to widziałem.
I suggest you download Diskeeper to defrag the MFT (you can get a 30 day free trial at http://www.diskeeper.com).
http://forum.dobreprogramy.pl/temat/467952-jak-w-diskeeper-2012-defragmentuje-si%C4%99-mft/
Pytam sie - gdzie są te opcje w Diskeeper 2012 - bo ja ich tam nie widze…
Cytując "
Use Contig.exe which is a program in the SysInternals Suite. You do not need to download the entire suite. You can download only Contig.exe.
http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb897428
The first time you run defrag will take much more time than the second time.
I recommend running with the -q and -s options." 
W przytoczonym linku pisze jak używać i co daje ten program.
Zmienia, zmienia! Czasem się zdarza, że program nie wykona defragmentacji plików systemowych, gdy dysk jest bardzo mocno zapełniony i pliki potężnie pofragmentowane. Można to jednak sprawdzić, wykonując powtórną analizę owym programem.
Puran Defrag użyłem (koniecznie spod bootowania) w praktyce co najmniej na kilkunastu komputerach i nie miałem żadnego problemu ze zdefragmentowaniem plików MFT lub stronicowania i innych systemowych. Warunek był jeden, dostateczna ilość miejsca na dysku.
Contig v1.7 - ten program na moim systemie nie działa!
Odpowiednia opcja: w głównym oknie > Settings > Volume > Advanced Settings > System > Defragmentations Options > Boot Time Defragmentation i tu zaznaczyć obie kratki tj. Enable Boot-Time… oraz Run CHKDSK… (tak zaleca “Help” programu.
Zaznaczyłem i po restarcie w ułamek sekundy coś się pokazuje, że za żadne skarby nie da sie tak szybko przeczytać i jakby nic komputer uruchamia sie normalnie a MFT na każdym dysku pofragmentowane nadal…
W dzienniku NIC NIE REJESTRUJE Na ten temat nic nie ma
Zastanawiające! Sprawdzałem u mnie i opcja ta działa jak najbardziej prawidłowo! Z tego wynika, że Twój dysk systemowy ma bodaj jakiś problem z systemem plików. Diskeeper jest wg. mnie tak niewygodny w użyciu (wręcz “niestrawny” interfejs), że wolałbym się w tym celu posłużyć się jednak klarownym Puran Defrag , który w opcjach Boot Time Defrag posiada pozycję "Restart-Defrag-Restart+Full Disk Check" , i tę opcję radzę uruchomić.
Puran Defrag - defragmentuje mi pliki startowe BOOT C:\ Dysk SSD . Nie wolno defragmentowac plików systemowych…
O&O - defragmentuje MFT - jednak wcześniej nalezy defragmentwoać partycję np. SPACE lub zwolnić odpowiednią ilość miejsca bo na niektórych partycjach mam wolne po kilka GB a to zbyt mało 
Na partycjach z większą przestrzenią widac postęp i to robi dokładniej dlatego pewnie dłużej niż zwykłe defragmentory.
O&O - ładnie pofragmentował mi partycje i nawet wolną przestrzeń przesunął na koniec, choć to trwa długo ale robi to lepiej niż inne defragmentory.