Czym się różnią te 2 foldery?
Wiem, że są w nich montowane dyski, cdromy, dyskietki. Gentoo, Slax, KateOS montuje W mnt, a na przykład ubuntu w media. Czy to coś zmienia? I czy mogę bezpiecznie usunąć ten drugi nie używany folder?
Nic nie usuwaj.
Pamietaj ze nic nie istnieje bez przyczyny.
Rozumiem jakby folder mial 10 GB danych ale jest pusty wiec go nieruszaj 
Generalnie w mnt sie montuje wszelkie urzadzenia (dyski twarde itd)
a katalog media to … media 
Roznie sie ich uzywa. Ja osobiscie w mnt mam dyski twarde wirtualne katalogi, a w media pendrive, karty pamieci, CD rom itd.