A czy działa klawisz "enter"w miejscach, w których nie działa myszka?
Czy to się dzieje tylko na określonym obszarze pulpitu (np. na środku)? Spróbuj przesunąć całe okno uruchomionej aplikacji np. w lewy, górny narożnik ekranu i sprawdź czy tam możesz kliknąć myszką.