HEjka,
jak miałem Ubuntu 10.10 i zainstalowane WINE to, aby zainstalować coś z pliku .exe klikałem ppm - > właściwości - > zezwól na installacje/wykonywanie (jakoś tak), teraz mam Xubuntu 10.10, zainstalowałem WINE i mam plik .exe jednak jak dam ppm -> właściwości nie mam nigdzie opcji zezwolenia i WINE nie może uruchomić pliku .exe 
Klepnij w konsoli:
sudo chmod a +rwx /ścieżka/do/pliku/exe
Nadaje + wszystkim -> a prawo czytania - r zapisywania - w uruchamiania - x tego pliku *.exe.
Czy można cały folder uprzywilejować ? np.
sudo chmod +x nazwa folderuchmod -R +x ./nazwa
Musisz pewnie jeszcze zmodyfikować UMASK w zmiennych środowiskowych, by nowo tworzone pliki dziedziczyły odpowiednie uprawnienia.
Innym rozwiązaniem chyba jest ustawienie sticky bit-u czy wykonywania na katalog(dokłanie nie pamiętam).
find /katalog/podkatalog/ -iname '*.exe' -type f -exec chmod -v +x {} \;
przecież to proste 