Ok, w takim razie moim kolejnym krokiem będzie skan dysku MHDD i ponowny benchmark HD Tune.
Postaram się jak najszybciej to wykonać, ale obecnie mam chwilowy nawał zajeć 
Co do samego systemu, myślę że jest on ogólnie mówiąc czysty. W sumie ufam tym programom porządkującym, wiadomo początkowi userzy mogą usunąć za dużo [nie chcąc się przechwlać, bawię się hobbystycznie w tą nazwijmy “optymalizację systemu” kilka lat, blędów w dziennikach zdarzeń nie widać za dużo :P]
Co do zużywania zasobów przez jakiś proces - mam stale odpalony w trayu ProcessExplorer i gdyby tylko coś skoczyło do 100% użycia CPU zerknąłbym co się dzieje… [pomijając chwilowe skoki przy np. odpalaniu bardziej wymagających programów, podczas skanowania itp.]
Co do podejrzeń infekcji, również myślę że system jest czysty [regularne skanowania całego systemu KIS2012+Malwarebytes, od czasu do czasu bootuje Kasperskiego, drWeb z liveCD]
Może doprecyzuję też opis problemu: sytuacja wygląda tak, iż po tych 2-3 godzinach pracy nie występuje właściwie zbyt znaczące obciążenie zasobów przez jakiś proces(y) [powiedzmy stałe obciążenie do 50%, skokowo do 70-80%], a mimo to lapek ewidentnie zwalnia [odczuwam to, jakby procesor czekał na dysk…] i co ciekawe jeśli wyłącze go na 2-3 godziny to po włączeniu znów nabiera “speeda”, następnie 2-3 godziny komfortowej pracy i znowu to samo [testowo wyłączyłem AV, oczywiście przy całkowicie odciętym internecie - podejrzewając że to Kaspersky tak “zapracowuje” ten dysk - efekt: w zasadzie brak wpływu na występowanie opisanego problemu]
Nasuwa się prosty wniosek: przegrzanie - tylko problem w tym, że temperatury też są wtedy optymalne, gdyż po kilku godzinach pracy przy obciążeniu temp. procka, płyty na poziomie poniżej 60 stopni to raczej norma [kwestia na ile te pomiary są wiarygodne].
Przyznam się szczerze że do tej pory nie monitorowałem temp. HDD [HMonitor którego używałem w wersji free jej nie pokazuje]
Obecnie najbardziej ciekawią mnie wyniki analizy MHDD i jeśli będą ok - to będę szukał problemu gdzie indziej… [Pstrowsky tu pozwolę sobie poprosić o pomoc w ich ocenie, jeśli nie masz nic przeciwko dam znać na priv gdy umieszczę tu wyniki]
Dzięki za zaangażowanie w rozwiązanie problemu 
[RedGhost do Twojej porady również się zastosuję…]
]. Oczywiście wykonałem “checkdisc” wszystkich partycji systemowym narzędziem [zero jakichkolwiek błędów], oraz defragmentację.