Witam!
Czy mogłby mi ktoś pomóc w napisaniu funkcji readFastaAlignment, która będzie wczytywać plik z dopasowaniem w formacie FASTA a następnie będzie zwracać w postaci listy, której każdym z elementów będzie dwuelementowa krotka zawierająca opis sekwencji oraz samą sekwencje.
Dodam tyle że plik o rozszerzeniu FASTA otrzymuje z programu:
#!/usr/bin/python
import re
ENTRIES = re.compile('name\s+?(\S+).+?sequence\s+?([^\}]+)',re.S)
FASTA_ALN = True
def convert(options,linewidth=60):
try: f = open(options.inputfile,'r')
except IOError: raise " File '%s' not found." % options.inputfile
data = f.read()
f.close()
entries = re.findall(ENTRIES,data)
f = open(options.outputfile,'w')
for name, sequence in entries:
f.write('>%s\n' % name)
if FASTA_ALN:
cleaned = re.subn('\s','',sequence)[0].upper()
cleaned = re.subn('\.','-',cleaned)[0].upper() + '\n'
else: cleaned = re.subn('[\s\.]','',sequence)[0].upper()
f.write('\n'.join([cleaned[i] \
for i in range(0,len(sequence),linewidth)]))
f.close()
def main():
from optparse import OptionParser
usage = """ %prog [options]
program for convertion biological sequence data from RST to Fasta format """
parser = OptionParser(usage=usage)
parser.add_option('-i', '--input', help='input RST filename',
action='store', type='string', dest='inputfile')
parser.add_option('-o', '--output', help='output FASTA filename',
action='store', type='string', dest='outputfile',
default='sequence.fasta')
options, args = parser.parse_args()
if not options.inputfile:
parser.error(" You MUST provide input filename. "+\
"Run program with '-h' for help.")
convert(options)
if __name__ == ' __main__': main()
który ze zbiorów RSF wybiera odpowiednie sekwencje (wyrażenia regularne) i zapisuje je do pliku FASTA.
Sytem na ktorym pracuje: Ubuntu