Musisz pobrać cały plik linia po linii do pamięci (do zmiennej pseudo-tablicowej), wyłuskać/sprawdzić odpowiednie warunki (w trakcie lub po wczytaniu całości danych) i dokonać zmiany wartości pewnych elementów w pseudo-tablicy tablicy, a następnie zapisać tę tablicę do pliku.
Innym rozwiązaniem jest wyszukanie określinych warunków w pliku z danymi, a nastąpnie jego modyfikacja (ale to wydaje mi się znacznie trudniejsze w ogólnym przypadku).
Jak nie wiesz, jak coś zrobić, poszukaj informacji w świetnym serwisie http://ss64.com/nt/