Różnica żadna ,może jednak od początku PCI Express w zależności od wariantu (x16 v1.0 , x16 v.2.0 , x16 v3.0 ) różnią się przepustowością - 4000 MB/s ( 4 GB/s) , 8000 MB/s ( 8 GB/s) , 16000 MB/s ( 16 GB/s). Obecne karty graficzne ledwo są w stanie wykorzystać przepustowość interfejsu PCI Express x16 v.2.0(8 GB/s).
Może za parę lat pojawią się karty graficzne, które skorzystają z pełnej przepustowości PCI Express 3.0, ale na razie wygląda na to, że producenci próbują sprzedać coś, co dziś nie ma znaczenia.